一般說來，按富硒農產品中硒的來源進行區分，富硒農業可以分為天然富硒農業和外源富硒農業兩種；若按富硒農產品所含硒農業的種類劃分，富硒農業可分為富硒種植業、富硒養殖業、富硒加工業三類。
富硒農業的發展對硒元素有很強的依賴性，無論在國外還是國內，富硒農業都是先在土壤富硒區發展，然后再慢慢向缺硒地區擴展。由于硒缺乏，我國大部分地區仍有硒含量較高的地區，在高硒地區有效開發硒資源，為平衡富硒區居民硒攝入量過低、缺硒地區居民硒攝入量不足的問題，我國大部分地區仍有硒攝入量不足的問題。
生物技術對富硒農業的發展具有很強的依賴性。富硒農業，實際上是通過生物轉化，把環境中的硒轉化成有益于人體健康的有機硒形式。富硒區和缺硒區對富硒技術的要求也有差別。富硒農產品中的硒含量主要是控制富硒農產品重金屬含量，缺硒區還需要控制農產品中硒含量的穩定性，而硒營養強化劑的開發則要考慮植物所需的富硒肥和動物所需的富硒飼料。對于農作物和動物來說，不同形態的硒效應是不同的，不同作物和動物對硒的吸收和轉化效率有很大的差別，所以在將硒營養強化劑投入市場之前，需要做很多科學實驗。
富硒農業是功能農業，與人類健康密切相關。伴隨著我國某些慢性疾病的發病率逐步上升，我國出現了老齡化趨勢，人們已不再僅僅滿足于溫飽，更多地關注營養健康、功能農產品的發展。
伴隨著富硒農產品總量增加、品種豐富、消費升級的變化，富硒食品、富硒蔬菜、富硒水果、富硒畜禽產品逐步走向加工。富硒農產品加工技術要求很高，主要有富硒作物和動物原料標準控制、加工處理技術、加助劑、貯藏和終端產品質量控制等。
